看似太平的盛世之下，新的危机悄然滋生。随着通商往来日益频繁，西洋的思想与信仰也如潮水般涌入。京城中悄然出现了神秘的地下教会，他们蛊惑民众，宣称\"大清的繁荣皆是神明庇佑，唯有信奉新教才能得永生\"。更令人不安的是，一些达官显贵的家眷也开始秘密参与教会活动。
一日，小燕子在万国书院巡视时，发现几名学生行为异常。跟踪调查后，她竟在城郊的废弃庙宇中，目睹了一场诡异的集会。黑袍人高举十字架，口中念念有词，而台下众人神情恍惚，仿佛被抽走了灵魂。当小燕子试图靠近时，突然被人从背后袭击，千钧一发之际，一道熟悉的身影挡在她面前——竟是已隐退多年的永琪。
永琪的出现揭开了一段尘封的往事。原来，自小燕子与尔泰成婚，他便选择离开京城云游四海。这些年，他走遍大江南北，亲眼目睹西洋教会如何以传教为名，行控制人心之实。此次回京，正是察觉到京城暗流涌动，特意前来相助。
\"这些教会背后，恐怕不止是宗教渗透那么简单。\"永琪神色凝重，\"我在南洋时听闻，罗伊斯的弟弟正在暗中积蓄力量，意图为兄长复仇。\"尔泰摩挲着手中的剑柄，眼中闪过寒光：\"当年没能斩草除根，看来是时候做个了断了。\"
为了彻底查清教会底细，小燕子决定深入虎穴。她化名\"云娘\"，凭借出色的易容术，混入教会举办的慈善宴。宴会上，她意外发现皇后的侄女婉宁郡主竟是教会的重要成员。更令人震惊的是，婉宁出示的密信中，赫然有西洋王室的印章。
就在小燕子准备撤离时，突然被人识破身份。黑袍首领缓缓摘下兜帽，露出一张与罗伊斯极为相似的面孔——正是罗伊斯的胞弟，威廉王子。\"宁燕公主，别来无恙？\"威廉露出阴鸷的笑容，\"当年兄长葬身火海，这笔账，也该好好算算。\"
威廉早有准备，一声令下，数百教徒将小燕子团团围住。千钧一发之际，尔泰、永琪率领侍卫及时赶到。激烈的混战中，威廉趁乱逃走，并在京城各处埋下火药，企图制造大爆炸引发恐慌。
小燕子等人兵分三路，一边组织百姓撤离，一边追查火药库位置。在苏日娜带领的蒙古骑兵协助下，他们终于在黎明前找到最后一处火药库。尔泰与威廉展开殊死搏斗，而小燕子则凭借对机关的了解，成功拆除炸药。当第一缕阳光照亮京城时，威廉被制服，阴谋彻底破产。
危机过后，朝廷颁布政令，规范宗教活动，严禁任何势力借传教之名行不轨之事。小燕子和尔泰将精力投入到教育与民生之中，他们的孩子也各自成才，有的远赴西洋学习先进技术，有的留在国内兴办实业。
多年后的一个雪夜，已是垂暮之年的小燕子和尔泰坐在暖阁中，看着子孙满堂，其乐融融。窗外，紫禁城的轮廓在白雪映衬下更显巍峨，而他们的故事，早已融入这盛世的每一寸土地。
\"尔泰，你说人这一辈子，什么才是最珍贵的？\"小燕子靠在尔泰肩头轻声问道。
尔泰握紧她的手，目光温柔：\"是历经风雨后，依然能与你并肩看这万里河山，守这人间烟火。\"
炉火噼啪作响，映照着两人相视而笑的面庞。岁月悠悠，他们的传奇，永远定格在这温暖的一刻，成为后世代代相传的佳话。