大婚的红绸尚未褪色，新的危机已悄然逼近。一日，小燕子与尔泰正在公主府的花园中漫步，忽闻宫中传来急报——边疆战事吃紧，蒙古部落蠢蠢欲动。更令人不安的是，有密报称鄂尔泰与知画暗中与蒙古势力勾结，企图颠覆朝纲。
皇上紧急召见尔泰，命他为监军，随大军出征。小燕子得知消息后，立即闯入御书房：“皇阿玛，尔泰伤势未愈，怎能出征？”
皇上神色凝重：“朕也不愿如此，但此次战事关系重大，尔泰智勇双全，朕不得不委以重任。况且……”他看向小燕子，“鄂尔泰一党在朝中势力盘根错节，尔泰留在京城，反而危险。”
尔泰握住小燕子的手，目光坚定：“放心，我定会平安归来。你在京城，也要小心知画和鄂尔泰，他们不会善罢甘休。”
尔泰出征后，小燕子如履薄冰。知画表面上安分守己，暗中却在太后耳边不断进谗言，称小燕子恃宠而骄，干预朝政。一日，太后突然下旨，命小燕子主持宫中秋祭大典。
秋祭当日，小燕子依照流程行礼，却在焚烧祭品时，祭坛突然燃起熊熊大火。混乱中，一名小太监突然高喊：“是还珠格格故意纵火，亵渎神灵！”
皇后立刻抓住机会，向太后进言：“太后明鉴，这还珠格格不知轻重，连秋祭大典都能搞砸，实在不堪重任！”
小燕子百口莫辩，就在这时，苏日娜带着一队蒙古骑士闯入。原来，她得知消息后，立刻赶来相助。“太后，此事必有蹊跷。”苏日娜道，“我愿意帮格格查明真相。”
经过一番调查，真相终于大白。知画买通了小太监，在祭品中做了手脚，企图嫁祸小燕子。但证据确凿之下，知画仍拒不认罪，反而诬陷小燕子与苏日娜勾结外敌。
就在局势僵持不下时，前线传来捷报——尔泰率领大军大败蒙古叛军，鄂尔泰的阴谋也被识破。更令人震惊的是，他们在叛军营地中发现了知画与鄂尔泰来往的密信。
皇上勃然大怒，下旨将知画和鄂尔泰打入天牢。小燕子与苏日娜前往天牢，见到了知画。此时的知画早已没有了往日的温婉，眼神中充满了怨恨。
“为什么？”小燕子问，“我从未想过害你，你为何要如此对我？”
知画冷笑：“因为我不甘心！我样样都比你强，凭什么你能得到皇上的宠爱，能嫁给心爱的人？”她突然疯狂大笑起来，“不过没关系，就算我死了，也不会让你们好过！”
小燕子看着知画，心中只有怜悯：“知画，执念太深，只会害人害己。希望你能在牢中好好反省。”
战事平息，尔泰班师回朝。皇上论功行赏，封尔泰为镇国将军，与小燕子共享荣华。经历了重重磨难，两人更加珍惜彼此。
此后的日子里，小燕子和尔泰时常出宫游历，看遍世间美景。苏日娜也与他们结下了深厚的友谊，时常来京城做客。而紫禁城的风云变幻，渐渐成为了他们记忆中的一段过往。
多年后，当小燕子和尔泰带着孩子回到紫禁城，看着曾经熟悉的宫殿，心中满是感慨。夕阳西下，余晖洒在两人身上，他们相视而笑，执手相伴，续写着属于他们的传奇。