回宫后的日子并未如想象中平静。皇阿玛下旨成立“天机阁”，由尔泰担任阁主，永琪与紫薇协助，专门研究时空秘术与现代奇物。小燕子虽不通文墨，却凭借在现代的所见所闻，总能提出令人耳目一新的点子。
一日，天机阁内摆满了奇形怪状的物件：仿照自行车制作的“双轮木车”、用琉璃与铜片拼凑的“反光镜”。小燕子跨上木车，用力踩动踏板，车轮却卡在青砖缝里。她尴尬地挠挠头：“在现代，这东西可快了！”
尔泰笑着上前调整零件，袖口不经意间露出与小燕子掌心相似的淡金色印记。自从那次时空危机后，他们的印记便会在靠近观星井时微微发烫，仿佛是时空给予的特殊羁绊。“或许我们该试试改良车架结构。”尔泰说着，拿起炭笔在纸上勾勒新的设计图，眉眼间满是专注。
与此同时，御书房内，皇阿玛正翻阅着永琪呈上的奏折。折子上详细记录着“新式学堂”的筹建计划：男女同校、增设算术、地理等课程。“皇阿玛，”永琪叩首道，“小燕子说，唯有广开学堂，才能让大清跟上时代。”
皇阿玛摩挲着奏折，想起地宫壁画中那战火纷飞的画面，神色凝重：“准了。但此事需循序渐进，切不可操之过急。”他突然想起什么，从案头抽出一封信笺，“对了，西藏那边传来消息，尔泰之前修行的寺庙，近日出现了与观星井相似的异象。”
这话传到小燕子耳中时，她正蹲在御花园给新栽的向日葵浇水。花盘硕大如伞，是她托阿杰通过时空通道送来的种子。“我要去西藏！”她把水壶一丢，“说不定那边也有人需要帮忙，而且我还想再见到阿杰和林悦！”
尔泰得知消息后，默默收拾行囊。临行前夜，两人坐在观星井边。月光洒在井水中，泛起细碎的银波。“这次可能会很危险。”尔泰轻声道，“那些异象背后，也许藏着新的时空危机。”
小燕子抓起一把石子，用力抛向水面：“怕什么！咱们可是闯过时空乱流的人！”她转头看向尔泰，眼中映着星光，“而且，我总觉得，这印记把我们绑在一起了，你休想丢下我！”
尔泰心跳漏了一拍，喉结动了动，最终只是将披风披在她肩上：“明日卯时出发，记得多带件棉衣。”
西藏之行如期启程。当一行人抵达那座寺庙时，正值藏历新年。寺庙金顶在阳光下熠熠生辉，可殿内却弥漫着诡异的气息——壁画上的神佛双目赤红，供桌上的酥油灯忽明忽暗。小燕子腕间的印记突然发烫，她顺着感应走向后院，赫然发现一口被铁链缠绕的枯井，井口隐隐透出与观星井相似的蓝光……
铁链缠绕的枯井旁，寒风裹挟着细雪扑在小燕子脸上。她伸手去触碰冰凉的铁链，腕间的金色印记骤然亮起，铁链竟发出刺耳的铮鸣，如活物般扭动着松开束缚。尔泰脸色骤变，一把将她拉到身后：“小心！这井的气息比观星井更暴戾！”
话音未落，枯井中爆发出一阵尖啸，漆黑如墨的雾气翻涌而出，在空中凝聚成巨大的人面。那张脸扭曲变形，眼中流淌着血泪，用沙哑的声音嘶吼：“归还......时空碎片......”小燕子感觉头痛欲裂，脑海中闪过无数陌生的画面：雪域高原上的古老祭祀、被时空之力吞噬的僧侣、还有一个与尔泰长相相似的神秘人。
“它说的时空碎片是什么？”紫薇握紧永琪的手，声音颤抖。永琪抽出佩剑，剑身在雾气中泛起白霜：“不管是什么，先护住小燕子！”就在众人严阵以待时，寺庙的老喇嘛突然拄着拐杖赶来，他浑浊的眼睛盯着古井，双手合十念起经文。
雾气中的人面听到经文，渐渐变得透明。老喇嘛转向尔泰，眼中满是震惊：“施主，你与百年前那位开启灾祸的大巫师，竟有七分相似！”尔泰浑身一震，他翻开怀中的古籍，泛黄的纸页间掉出一张残缺的羊皮卷，上面画着与枯井一模一样的图案，还有一行血字：“以血脉为引，封印时空裂隙。”
小燕子抓住尔泰的胳膊：“尔泰，这到底是怎么回事？”尔泰眉头紧锁，缓缓说道：“或许......我的前世就是那个大巫师。他为了追求永生，强行撕裂时空，却放出了不该存在的东西。而这口井，就是当年裂隙的封印之处。”
此时，枯井的蓝光突然暴涨，时空仿佛被撕开一道口子。小燕子看到了现代的景象：阿杰和林悦站在古井边，手中捧着一个发光的匣子。林悦指着匣子大喊：“这是从古井里找到的，说不定是关键！”而在裂隙的另一端，那个神秘人再次出现，他对着尔泰露出诡异的笑容，手中把玩着一块闪烁的碎片。
老喇嘛突然将一串佛珠套在尔泰手腕上：“此乃历代活佛加持的圣物，或许能压制井中的力量。但要彻底封印裂隙，还需找到散落的时空碎片。”小燕子二话不说，拉起尔泰就往井口走：“还等什么？我们进去找！”
永琪和紫薇对视一眼，同时跟上：“要去一起去！”四人踏入蓝光的瞬间，小燕子感觉身体被一股力量托举而起。当光芒消散，他们发现自己置身于一片奇异的空间——四周漂浮着无数记忆碎片，有的映着雪域的朝阳，有的却是战火纷飞的末日景象。
“小心！”尔泰突然拽住小燕子。一块尖锐的碎片擦着她的脸颊飞过，在虚空中划出一道血痕。“这些碎片不仅有记忆，还会攻击外来者。”尔泰捡起一块刻着梵文的碎片，“但我能感觉到，碎片在指引我们前往某个地方......”
在碎片的引导下，众人穿过层层迷雾，前方突然出现一座悬浮的祭坛。祭坛中央，一块巨大的时空碎片散发着刺目的光芒，而那个神秘人正站在祭坛之上，手中握着从现代带来的匣子，冷笑道：“尔泰，你终于来了。想要碎片？那就用你的命来换吧......”