快乐而忙碌的时光总是短暂的，知道自己不能离京太久的朱由校，打点好行李，带着数百精兵先行回京了。此次，他并没有带走一两赃款。
由于他的突然到来，使得底下的人根本没法光明正大的贪墨赃款。毕竟新军是由他一手创办的，忠诚度自然是无话可说的，而且临走之前，他当场派发了一人一百两银子的巨款作为奖励。这个奖励不单单新军才有，是所有参与到此次除奸工作的所有人都有，其中还包括了在长江封锁航道的两支水师。他一口气花出去了四百万两，可以说是皆大欢喜。
不过相比起此次从江南士绅、商贾、贪官污吏、勋贵们家中搜查到的三百万两黄金，以及一亿五千万两白银的巨款来说，这点小钱可以说是毛毛雨了。
看到这么多金银摆在南京皇宫广场，除了震撼之外，朱由校心里也是莫名的愤怒。国家收一点点税千难万难，这些王八蛋，赚了这么多钱，却不拿出来纳税。还私藏如此之多的金银，又不拿出来用，实在是可恶至极啊。更加可恶的是那些勋贵，无数的黄金、白银被藏入地窖埋了多少年了？都已经变黑发霉了！
不过，有了这笔黄金和白银，朱由校脑海中很多构思都可以推进下去了。
至于魏忠贤手上的三千万两微商钱庄的银票，如今也变成了废纸一张，因为钱庄所有的存银都被朱由校搜刮一空，无法兑换的银票不就是白纸一张吗？等到魏忠贤发现这个问题的时候，恐怕会哭晕在厕所。
至于他私藏的那部分金银，早在朱由校第一天到来的时候，这厮就献给了皇帝。
有了这笔钱的注入，朱由校的内帑库房总算是可以塞得满满当当了。
除了这些无法吃的钱财之外，这些士绅、商贾、勋贵所拥有的财富还包括了上万间店铺，以及数千座粮仓，粮食数量还在统计中，何熊祥和幸存的二十多名南京六部主事官员表示，就算是自己累死在粮仓，也一定会以最快的速度清点出数量，并第一时间安排漕运，将粮食运往北方。
如今已经是南京No.1的何熊祥能说出这句话，朱由校相信他一定能做到。因为处理完这些事之后，他还有大用之处，这是朱由校对他的承诺。
......
此次回京，朱由校不打算骑马了，这辈子都不会了。他选择了坐船，沿着运河一路向北。
沿途风景非常好，两岸风光秀丽，景色美不胜收。
可朱由校却笑不出来，因为两岸人烟稀少，负责拉纤的纤夫衣衫褴褛，各个面黄肌瘦。这让刚得了一笔巨款，还在那里兴奋莫名的朱由校，心中刺痛无比，顿时没了欣赏风景的雅致。
后半段，他将自己关在了船舱，一步都没有出来。
天启元年七月中旬，离开京城一个月的朱由校终于安全抵达北京，刚回到皇宫，还没洗去一路上的风尘，朱由校就被内阁、军机处、六部、勋贵大臣们堵在了乾清宫暖阁。
没辙，自己拉的屎，自己擦。在道了一圈歉之后，大臣们才算是放过了他。
擦了擦一脸的口水，松了一口气的朱由校带着众人来到了上书房。
首先需要解决的问题便是如何处置江南那批罪犯的最终去向。对于江南地区所发生的这一系列事件，朝中的大臣们内心可谓五味杂陈。依照以往的惯例，遇到这种情况，他们必然会毫不迟疑地上演一出惊心动魄的死谏大戏，妄图迫使皇帝改变心意，收回已经下达的命令。
然而，此次当他们看到三司呈送上来的详尽审讯结果时，却都不禁沉默了下来。因为所有案犯的罪行皆已证据确凿，根本没有丝毫可以辩驳的余地。铁一般的事实就这般无情地摆在众人面前，使得原本气势汹汹想要抗争到底的大臣们也只得无奈地选择偃旗息鼓，转而采取明哲保身的策略。
值得庆幸的是，这位皇帝并未效仿太祖皇帝那般大肆杀戮，甚至株连九族。相反，他展现出了一定的仁慈与宽容，仅仅将那些罪恶滔天、罪不可赦的首犯处以斩首示众之刑，并将其他涉案程度相对较轻的案犯予以流放惩处。经过群臣之间一番深思熟虑的协商讨论之后，皇帝的这项提议最终得以顺利通过。
根据皇帝最初的构想，所有案犯的家产均需被彻底查抄没收。同时，依据其所犯罪行的严重程度差异，对其实施相应距离的流放惩罚，范围从一千里到五千里不等。其中，最近的流放地点设定在了四川和贵州一带；而最为遥远的，则包括了云南、远东以及位于广东的琼州岛（也就是如今的海南岛）等地。如此一来，这批罪犯便开始踏上了漫长而艰辛的流放之路，等待着他们的将会是未知的命运和充满挑战的新生活。
接着，群臣都盯上了这笔巨款。
没办法，大家都穷怕了。
剿灭晋商时，那几千万两白银几乎全被收进了内帑，群臣就已经非常不满了。如今这笔钱比之前还多了三倍以上，再不分润点，群臣都打算瘫倒在地赖着不走了。
不过这笔钱朱由校已经想到要如何利用，他向群臣表示，一定会给大家一个妥善的处置方式，先揭过不提先。
毕竟这些钱还在江南，运到北京城了大家再一起分赃不迟。
现在的当务之急是，两京制已经名存实亡了，南京六部已经清空一片，如今已经是七月中旬，百姓已经开始秋收了，而接下来的重中之重是秋粮的征收，也就是国家一年财政收入的大头的征收工作，这可关系到全国的稳定性。
朱由校让人快马加鞭送来的设立两院制来安置冗官问题，得到了百官的积极响应，他们非常认可这个决定，谁不想回到家乡之后还能参与家乡的建设工作，虽然只有建议权，不是还有弹劾权吗？这玩意他们玩的可溜了，只可惜的是，这个什么两议院是不发工资的。
对于撤销南京的陪都地位这件事情，众大臣之前是争吵的非常激烈，最后还是勉强通过了。毕竟以往这件事情反对声最大的应该是南京六部官员，可惜如今那里已经空空如也，最大的反对声没了，那么朝中大臣们自然不会为了这点小事与内阁唱反调了。
很快，撤销南京陪都地位的旨意就向全国发布了。
而对于南方几个省份来说，最大的影响无非就是有事就得向北京汇报工作，路途上遥远了一些。毕竟，左右布政使的关系不睦是绝对的，两人之间意见相左难免会发生。
而撤掉南京作为陪都的地位的决定，这一举措所带来的影响可谓深远而广泛，其中最为显着的一点便是有助于进一步强化中央集权统治。
在此之前，由于南京陪都的存在，北京六部虽然掌控着部分权力，但始终无法将其影响力完全覆盖至全国范围。然而，如今随着南京陪都地位的撤销，北京六部终于能够毫无阻碍地将自己的触角延伸到全国十五个地区。从此以后，它们真正意义上地成为了全国范围内独一无二的最高行政机构，拥有着无可比拟的权威和决策权。