原本历史上，南京沦陷，弘光皇帝朱由崧，和在杭州称监国的潞王皆被清军俘获之后，朱聿键于弘光元年六月二十八日，在郑芝龙，郑鸿奎兄弟，礼部尚书黄道周、巡抚都御史张肯堂等人的拥戴下，在福建建宁称监国，并于二十天后称帝，年号隆武。
史料记载，朱聿键被软禁的生涯中，与书为伴，有精史事，洞察古今，并且俭朴坚韧，继位后也心系百姓，整治污吏，还曾特别下诏“有发为顺民，无发为难民”，严禁滥杀南逃的百姓。
朱慈烺此时指认朱聿键为监国，代主持南方政务，就是通过这些史料认为，朱聿键是历史上南明出的几个皇帝和监国之中，唯一的一个胸怀大志，并且有能力的一位。可惜原本历史上事与愿违，大势不可逆，隆武帝最终也被清军在汀州俘获，绝食而死。
在场的众多官员听到太子有意指定朱聿键代为监国之后，脸上露出了震惊的表情。初代唐王都是太祖朱元璋的第二十三个儿子了，历代唐王也没有什么大的作为，更别提朱聿键现在已经被废除王爵，成为了戴罪之身。无论从哪个角度来看，这监国之位都不应该落在他头上。
在一片反对和讨论声中，朱慈烺深冷静地说道：“诸位，我知道你们对此事有所疑虑，在父皇蒙难前，嘱咐我们几兄弟时。父皇曾感慨万分，提及诸藩王宗室中，唯有唐王朱聿键敢于冒天下之大不韪，率兵勤王。此乃忠义之举，是功非过。因此，他嘱咐我，如果能够平安南巡，一定要赦免其罪。”
这番话一说出口，原本喧闹的场面顿时安静下来。刚才那些强烈反对的官员们面面相觑，一时间竟不知如何反驳。毕竟，陛下临终嘱托太子的话语，谁敢质疑其真实性呢？更何况，此时又有谁能去询问崇祯皇帝本人呢？
见掌握了主动权，朱慈烺趁热打铁，接着说道：“诸位要是没有其它意见，这件事就这样定下来了。下面我们讨论一下临时内阁的人选问题。目前局势紧张，时间紧迫，特殊时期特殊处理，以往的那些繁琐程序就不必再走了。诸位对此有什么看法呢？”
听到要决定新的内阁人选，众文官们立刻来了精神。毕竟这可是关乎权力分配和未来仕途的大事。而朱慈烺对于这个问题也有着自己独特的见解。他知道现在的情况复杂，既要应对前线即将到来战事，又要保证后方的稳定。因此，临时内阁的成员必须兼顾到两边的需求。
身处前线，需要有人协助他统筹军政事务。同时，南京朝堂也需要有人辅助朱聿键主持政务，做好后勤保障工作。基于此，朱慈烺决定在临时内阁的人员安排上采取平衡策略，临时分为南北阁，两边各选三人。这样既能满足前方的需求，又能确保后方的稳定运转。
自己身边的北阁，其实没有什么悬念，三个成员只能是，方岳贡，王永吉和黎玉田，目前跟在朱慈烺身边的文官中，就这三人官职最高，且其它一些京官都是碌碌无为，在历史上也没有名，所以只能选这三个人。
朱慈烺一阵感慨，身边有种没有名臣可用的感觉，可惜了京城沦陷时，就义殉国的那些忠臣，如范景文，倪元璐、凌义渠、李邦华等等，其中不乏有能力非凡者，如李邦华在整治京营时就取得了很好的成效.
京师沦陷前后，给崇祯提出的建议都是正确的，只可惜没有被采纳，京城沦陷之后，于文天祥祠写下一首绝命诗：“堂堂丈夫兮圣贤为徒，忠孝大节兮誓死靡渝，临危授命兮吾无愧吾”，后从容殉国。
经过谈论之后，按照朝廷惯例，方岳贡为东阁大学士兼兵部尚书，为首辅，王永吉加武英殿大学士兼吏部尚书，黎玉田加文华殿大学士，领右副都御史衔，入阁办事，跟随的二十多名小京官，分配给三人调用。
对于南堂人选的指定，就麻烦许多，朱慈烺自然知道谁是有能力的名臣，只可惜这些人都分散各地，且资质尚浅，暂时不可能压住南堂众臣，所以南阁的人选，还得在资历高的人中选取，且在自己赶往南京之前，南堂现在以稳定为主。
最终，在朱慈烺的干预下，南阁商议出的人选为，史可法加文渊阁大学士兼礼部尚书，为次辅，王铎加华盖殿大学兼户部尚书，姜曰广加谨身殿大学士兼刑部尚书。
确定好人选之后，朱慈烺又向众臣宣布了内廷的任命。由于当前形势紧迫，且人手不足，暂时不设立司礼监。前线事务将由朱慈烺与北阁及诸位武官共同商议决定。
这样一来，内廷对于决策的干预几乎被消除，文官对此也不关心了。接着，朱慈烺正式任命吴三友为东宫典玺太监，负责他的日常起居等身边事务，曹化淳继续任东厂提督一职，负责情报收集和监察工作。
接下来，北阁成员开始着手起草诏书，内容大致是，第一封诏书以崇祯皇帝的名义发布，命令皇太子朱慈烺继承皇位，并前往南京登基称帝。
第二封则是以皇太子朱慈烺的口吻发出的钧令，阐明前线局势紧张，他需要暂时留在抚军，收拢人马，构建防线，同时，说先帝称赞原唐王朱聿键忠诚勇敢，特赦恢复其爵位，暂代监国。负责主持处理南方事宜。
拟定好旨意后，朱慈烺亲自盖上了皇帝和东宫的印玺，并写了一封给朱聿键的亲笔信，最后，他派遣东宫典玺太监吴三友亲自前往，首先要赶到凤阳解救朱聿键，然后再前往南京传达正式的两封旨意。
当所有的工作都完成后，太阳已经高悬中天，不知不觉间已经过了中午时分。朱慈烺吩咐手下在桥楼前的宽阔甲板上，摆放好了桌椅，并邀请众人一起吃这顿工作餐。
凭借后世的经验，朱慈烺认为一起吃饭更能促进团队之间的合作了，由于这是朱慈烺首次邀请大臣们共进午餐，他特意嘱咐伙夫准备得比平日更为丰盛些，但同时明确禁止饮酒，以确保大家能够保持清醒头脑，专注于下午的重要事务讨论。
午饭短暂休息，朱慈烺再次召集众臣，开始深入探讨接下来最为关键的议题——畿南和山东一带接下来的战略部署。