对于俞大猷和戚继光等人的上疏，朱载坖还是很重视的，他们都是国朝宿将，实战经验丰富，对于大明的军器生产有自己的看法很建议，这些建议都是很重要的，朱载坖当即命令内官监和军器监参照俞大猷和戚继光的建议，重新制定大明官军的甲胄样式、标准。
同时朱载坖还要求练兵军务处制定士卒武艺的考核标准和训练要求，将大明官军的各个兵种士卒的武艺划定标准，予以考核，对于士卒来说，要每年一考，考核分为及格、良好和优秀三等，及格的不予惩罚也不予嘉奖，良好的，增加每月军饷十分之一，优秀的增加十分之三，连续两年优秀的，推荐报考国子武学。
考虑到士卒中还有大部分目不识丁的，朱载坖还特地增加了一条，对于不通文墨的士卒，只要能够四次考核优秀，年三十以下，即可选送国子武学就读，朱载坖还特地命令俞大猷在国子武学中设立预科，从翰林院、国子监抽调老师，到国子武学中为这些不通文墨的士卒开蒙。
同时在军中推广识字，能够读写五百个字的士卒，增加军饷一钱，能读写一千个字的士卒，增加军饷三钱，提高士卒们的识字率，同时将识字率也纳入各级军官们的考成中，麾下士卒识字达到七成的军官，加俸一级，可以优先提拔，麾下士卒军事训练优秀率达到一半的，加俸一级，优先提拔，麾下士卒军事训练优秀率达到九成以上的，御前试验，合格者立即提拔。
朱载坖要求练兵军务处，制定详细的训练大纲并且绘图，使得哪怕是不识字的士卒们都知道应该怎么训练，同时要制定严格的考核标准。
除了基层士卒们的训练和考核，朱载坖更加关心的是国子武学的教育，现在国子武学除了军事训练之外，所用的教材除了武经七书之外就是俞大猷、戚继光等人的练兵笔迹，更多的是一种口传心授的模式，朱载坖认为，武经七书这种东西固然不错，但是失之于空泛，毕竟日后大部分选送国子武学的生员主要是基层的士卒，他们并没有太多的文墨，这种佶屈聱牙的东西并不适合他们，朱载坖希望的就是让他们学会忠君爱国，怎么组织训练，怎么掌握部队，怎么带兵打仗，这才是国子武学应该教授的东西。
朱载坖要求练兵军务处重新编订国子武学的教材，朱载坖特意要求编撰军语词典，要求将军语贯彻到大明官军各级的指挥作战中，所谓军语，就是表达军事概念的语词，是规范化的军事用语。任何一支军队，在作战、训练及其他工作中都必须使用统一的军语。军语的特点是准确、简明、规范和统一。
对于朱载坖来说，要组建一支正规化的大明官军，最重要的不是司政后装或者是什么总参谋部这些机关单位，而是军语的制定和使用，朱载坖很清楚，没有统一军语，军队就没有准确发号施令、顺畅通信联络的工具，就难以达成军队的令行禁止和军事任务的圆满完成。所以朱载坖对于军语的编定是十分重视的，不仅亲自参与编写，还提出自己的意见，发明了不少的军语。
按照朱载坖的规定，将军语分为训练、作战、军器、筑城、步兵、骑兵、炮兵、工兵、辎重兵、通信、后方勤务、天候等不同的章节，每个词都要明确含义，一旦编定之后，整个大明官军的指挥体系，命令的传达和执行都必须使用军语，军语没有任何的歧义，收到命令的部队按照命令坚决执行就行了。
没有完整可靠的军语，即便是建立了参谋机关，一样不会起到任何作用，所以朱载坖首先要抓的就是军语的制定。
朱载坖准备以宣大山西三镇的官军和都指挥使司为试点，推行朱载坖的新军制，按照朱载坖和练兵军务处的规划，宣大三镇一共编设二十协，其中步骑炮协十五个，骑兵协五个，三镇官军每镇下辖四个步骑炮协和一个骑兵协，除三个步骑炮协有固定的防区，承担支援当面的边堡之外，每镇辖有一个步骑炮协和骑兵协的机动兵力。
同时，在提督宣大山西军务手上，还掌握了三个步骑炮协和两个骑兵协的机动兵力，作为官军方面部署的机动部队和本防区的预备队，而京营和亲军诸卫则承担战略预备队的职责。
马芳和黑春以及哱拜等人在山西负责挑选军士，裁汰老弱，尽管这次要求裁减十万的军额，但是其实宣大山西三镇的空饷本来就不少，再加上马芳和黑春选拔条件严格，大量的士卒被裁汰进入地方都司和巡检司当中，三镇官军军额还反而不足。
经潞国公马芳和提督宣大山西军务黑春的奏请，朱载坖批准在山西、陕西、直隶招募兵员，补充三镇官军的军额，优先从卫所子弟中选取，取中给安家银五元，务必将三镇二十协官军整编完成。
除了人员之外，更加重要的就是军器甲胄了，甲胄朝廷还有储存，但是燧发火铳显然是不足的，为了弥补远程打击火器的不足，朱载坖命令将库存的弓弩先发给三镇官军使用，同时现在三镇官军最缺乏的还是质量优良的长枪。
由于之前朝廷不重视武备，所造长枪多不合用，经戚继光的奏请，制定了长枪的工艺标准和规格，但是大量的合格枪杆的制造还是需要时间的，尤其是长枪本来就是官军装备数量最大的军器，十余万的官军，要装备三万支长枪，对于军器监来说，压力还是不小的。
好在现在军器局有一些存货，朱载坖先向宣大调拨长枪一万支，剩余的随造随发，士卒先用木棍训练，同时还有骑兵所需的甲胄、骑枪、腰刀等物，都要一一制备。