除了水利之外，朱载坖比较重视的就是水师战舰的制造和燧发火铳的批量装备。
随着大明的工匠还有文思院对于从西洋来的各种机械吃透了之后，大明自己的工匠也发明了大量的机械用于军器、船只的修造中来，朱载坖对于这些能够发明机械或者改进军器的工匠都兑现承诺，不仅给予官职，也不吝赏赐，现在大明生产的三、四斤熟铁炮在射程和精度上已经青铜炮相差无几了。
这样的话就可以将大量的铜料节省下来，用于铸造制钱和铸造海军舰炮。
同时文思院和军器局听取了戚继光等前线将领的意见，对于燧发火铳进行了改进，长度增加到五尺三寸，刺刀的长度也增加到一尺五寸，这样的话士卒在白刃战中就能够取得更大的优势，同时将燧发火铳的弹丸重量增加到九钱，以增加火铳的杀伤力。
经过改进的火铳被朱载坖命名为隆庆十年式燧发火铳，朱载坖要求严世蕃督促各工场增加产量，现在没有仅仅一万支的产量远远不足供应大明官军使用。
朱载坖要求严世蕃将产量想办法提高到三万支每年，同时将成本压缩到三两以下，同时应严世蕃的奏请，朱载坖在北直隶设立了更多的工场，将工场专业化，以应对朝廷和百姓对于军器和各种机械的需求。
严世蕃还奏请朱载坖，现在天津造船厂有空余的船坞，因为水师主要需要的是大型战舰，中小型的战舰大连、松江、南京、广州等地都可以制造，但是现在民间对于船只的需求是很大，严世蕃请求朱载坖准允朝廷的各官营船厂承接民间的订单，这样一来可以增加工匠的收入，提高他们的积极性，同时可以增加收入，补充为朝廷造舰的费用，节省开支。
朱载坖同意了严世蕃的奏请，但是要求各船厂首先要保证水师的战船按期交付，并且保证质量。
南洋水师提督俞咨皋也向朱载坖上奏两事，第一是之前朱载坖派遣去西洋出使的罗万化等人已经从尼德兰返回，抵达广州，正在修整，准备返回天津，俞咨皋提前奏报朱载坖，请示是否派遣战舰护送。
第二件事情就是随着大明和南洋的交往增加，海盗又重新在南洋等地出现了，俞咨皋奏请朱载坖，请求率领水师，肃清海盗，借机锻炼水师。
朱载坖同意了俞咨皋的请求，同时命令礼部准备仪式，迎接罗万化等人归来，这是大明第一次遣使西洋，朱载坖想知道罗万化从西洋带回了什么东西。
除了兴修水利之外，朱载坖还要大兴仓储，在北方兴建多个大型的仓库，用于储存粮食，以备不时之需，同时扩建京通仓，在天津兴建大型仓库，扩建之后的京通仓，要能够储存一千五百万石粮食，在天津也要建成能够收储一千万万石粮食的仓库，以备灾荒和朝廷用兵。
重臣们对于朱载坖的这些做法已经是习以为常了，户部尚书刘体乾上疏，请求朱载坖将一些大型工程暂缓，水师战舰等耗资巨大的军器修造也要减少，朝廷要储备一些银子，以备不时之需。
按照朱载坖这个用法，明年就是没有灾荒也不用兵，朝廷的收入还是要被花的干干净净，朱载坖则是予以拒绝，这些事情都是必须要做的，不管是水利的兴修，战舰的修造，都是朝廷现在要用做的事情，必须立即动工，就算是有不足的，朱载坖动支内帑也要支持下去。
朱翊釴看到这种情况，也向朱载坖委婉的劝谏，不必过于心急，朱载坖于是问道：“那太子认为，什么事情是重要的，什么事情是不重要的？”
朱翊釴说道：“陛下，眼下没有战事，水师战舰和大量制造军器，需要大量的银钱，可否暂缓一下，等到朝廷充裕了再说。”
朱载坖看了朱翊釴一眼，朱翊釴赶紧请罪，朱载坖摆摆手说道：“你我父子不必如此，不过太子你知道朕为什么要大造军器，修建战舰吗？”
朱翊釴说道：“父皇是要防患于未然。”
朱载坖笑了笑，防患于未然，不不不，现在人家都已经在家门口，朱载坖起身，和太子一道在文华殿外散步，朱载坖说道：“太子知道一艘战舰从制造到下水到交付水师需要多久吗？训练一名合格的水兵都需要多久吗？”
这些显然已经超过了朱翊釴的知识范围，朱载坖耐心的给朱翊釴解释其中的关窍，和陆军不同，水师需要长期的训练才能够形成战斗力，战舰的制造更是需要很漫长的时间，而现在大明面临的是什么情况？
嘉靖朝的倭寇虽然看似平息了，但是倭国始终是大明东南的大患，佛郎机占据吕宋，直接威胁大明在南洋的利益，朱载坖认为，大明和佛郎机迟早会有一战，如果不早做准备，临战不利，这就麻烦了。
而大造军器，提高大明官军的火器装备率，不仅仅是为了提高官军的战斗力，更有朱载坖长远的思考。朱载坖问道：“太子觉得，朕为什么要将各种工场置于北直隶？”
朱载坖将朝廷的各种官营工场都设置在北直隶，除了因为北直隶资源丰富，具备发展这些工业的条件之外，更重要的就是将这些工场牢牢掌握在朝廷的手中，用后勤来控制军队，防止出现尾大不掉的情况，朝廷只要能保持对于军事工业的绝对掌握，就可以用军器弹药的供应来控制军队。
火器可不同于冷兵器，弹药和各种零配件都是很重要的，这些不是大街上随便拉个铁匠就能够干的，为什么朱载坖首先做的就是度量衡的标准化，就是要通过标准化将朝廷的军器也予以标准化生产，提高军器质量和门槛，杜绝仿制的可能性，这样一来，大将们即便是有反意，也得思量一下后果了，所以朱载坖一直致力于提升官军的火器比例。