朱载坖将申时行的弹章处理了之后，便并没有理会此事了。在朱载坖看来，这个案子确实有隐情，但是自己也派出锦衣卫查察此事了，虽然此案非常恶劣，但是对于大明来说，却是并不算什么。
所以朱载坖对于这些事情并没有很看重，在朱载坖看来，这事并没有引起朱载坖的重视，但是被弹劾的赵文华显然不这么看，之前赵文华确实没有重视这个案子，但是在被申时行弹劾之后，赵文华重新审阅了全案卷宗，作为一个老刑名，赵文华发现此案的蹊跷之处。
赵文华将一应文书整理好之后，请求朱载坖召见，朱载坖在文华殿召见了他，朱载坖问道：“大司寇是有什么事吗？”
赵文华说道：“陛下，臣仔细检视了汝宁府的卷宗，其中确有蹊跷之处。”
赵文华举了其中很明显的几处问题出来，了尘并非汝宁府人士，他是怎么剃度出家的，又是怎么去的度牒的，甚至于最后还成为了汝宁府的僧纲司都纲，负责一府的僧事，这其中的缘由，汝宁府并未详查。
还有就是赃银的问题，据这伙恶僧交代，他们这些年来所得赃银达数万两，那么这些银子在何处？汝宁府仅起获赃银不到两千两，这些恶僧也交代不出来赃银的去向，这就很奇怪了，据首犯了尘交代，他有一私生子，名唤单云，七年前随母亲来到颍州开了家钱庄，是了尘出的钱。
据单云交代，钱庄是有进项的，但是都被了尘拿走了，这就奇了怪了，这么多银子，去到哪里了？这是此案的第一个疑点。
赵文华接着说道第二个疑点，了尘并不是初次作案，据发现骸骨和了尘等人的供述，他们一共作案数十起，时间长达十年之久，居然没有被发现，这难道不奇怪吗？
虽然在大明，很多案子都未必能够被官府发现，但是了尘等人作案的对象就是借宿的富商，他们不可能是一人独行的，而且也有一定的社会地位和关系，这么多富商失踪，官府就一直无动于衷？这些富商的家人也不发动关系去寻找？这显然不现实，他们是如何掩盖自己的罪行长达十年之久，这是此案的第二个蹊跷之处。
赵文华同时指出了此案的第三个蹊跷之处，按照汝宁府的卷宗所讲，了尘之前是少林寺的和尚，然后又到了开封的相国寺挂单，崇光寺以前很破旧，自从了尘来了以后，也不知从哪里布施来的钱财，让寺庙焕然一新。而且寺庙近十年时间，从未招收过新弟子，现在庙中的和尚有三分之一是当年随同了尘从开封相国寺来的。
这么奇怪的事情，当地的州县衙门就不知道吗？还有，了尘与少林寺、相国寺，到底是什么关系，有没有可能这些赃银最后到了相国寺和少林寺，这点无论是汝宁府还是河南按察司都没有再往下查，这么大的一笔赃银，他们居然不追查，这不是咄咄怪事吗？
听了赵文华的话，朱载坖也觉得此案恐怕没有那么简单，赵文华将此案的卷宗已经全部带来了，朱载坖也仔细的看了一下。
朱载坖看了本案的发案过程，其实是非常的简单的，汝宁知府衙门接到一人报案，此人自称叫沈壮，归德府人，说主人沈琦带随从来汝宁走商，因为家中有事处理，沈琦安排沈壮处理完事情再跟上来，并告知沈壮，自己会住在汝宁城内云来客栈，说这个客栈环境好，自己以前住过，让沈壮来汝宁后直接去云来客栈找他。
谁知沈壮来后，沈琦和随从不见了踪影，云来客栈陈掌柜通过沈壮的描述，说沈琦和随从两日前就离开了，据说是去崇光寺小住，沈壮跑去崇光寺询问，执事僧本元否认留宿俗家人。在僧人和客栈陈掌柜之间，沈壮自然是相信僧人，于是就跑来衙门报案，怀疑陈掌柜说了谎。
经过汝宁同知邓昭的仔细查访，认为沈琦确实是在崇光寺寺中失踪的，邓昭带人和沈壮一道前往崇光寺密查，沈壮手拿一枚铜钱对邓昭说：“大人，我家主人自小多病，打造了七枚铜钱，串在一起给主人佩戴，道士说这叫“七株辟邪”每枚铜钱都有少爷的名字，这枚钱是我在寺中净房发现，上面就刻着我家少主人的名字。”
这下就做实了此事，邓昭派遣衙役抓捕这些僧人，在崇光寺中搜索，捕班葛风在大雄宝殿释迦摩尼座下发现了端倪，原来下面有个暗室，暗室内搜出近贰仟两银子，还有沈琦的那六枚铜钱。
此案遂告破。朱载坖看了卷宗之后，对赵文华说道：“大司寇，此案还有一个疑点。”
赵文华赶紧说道：“请陛下示下。”
朱载坖指着卷宗说道：“大司寇不觉得，这个汝宁同知邓昭，似乎早就确信这崇光寺有问题吗？”
赵文华想了一下，确实是如此，最开始汝宁知府史廷绅让人传陈掌柜前来，陈掌柜一口咬定，沈琦和随从在客栈住了一晚，然后就搬走了，临走时说去崇光寺小住。史知府和沈壮一样，也是相信佛门中人，于是准备给陈掌柜用刑。但是被同知邓昭所劝，邓昭认为崇光寺有问题，力劝史廷绅详查此事，才使得本案告破。
邓昭似乎早就笃定这个崇光寺有问题一样，这也确实蹊跷。
赵文华对朱载坖说道：“陛下，此案实情尚未明朗，陛下虽然已经派遣锦衣卫去复审此案，但是还是应当派遣钦差，亲赴汝宁府查察本案。”
朱载坖想了想对赵文华说道：“大司寇说的有道理，朕要拣选精干官员，前往汝宁府详查此案，至于这个邓昭嘛，朕看有些意思，令其协助钦差办案。”
赵文华走后，朱载坖召见阁臣们，向他们询问有没有推荐的人选，朱载坖需要从翰林官中选择一个精明强干的人，赴汝宁府将此案实情查明。