朱影龙一直就想将军、政两个系统分开，但前面一阵子太乱，加上边关还在打仗，所以他暂且将这个想法搁下了，现在他已经决定裁撤京营，编练新军，而且现在朝廷这个所谓的五军都督府也差不多名存实亡了，大半官员被魏忠贤裹挟南逃，五军都督府好些官员都是被魏忠贤和客巴巴的亲戚担着职务，还都有爵位，现在他们都随魏忠贤南逃，正好给了他这个机会，越想越觉得可行，挑这个时机一举废除五军都督府，设立一个统一的军事指挥机构，就是军机阁，想到这里，朱影龙立刻宣布摆驾文渊阁，召集六部阁卿商议这件大事，同时命人将京营的代提督陆皓天也唤了过去。
皇上突然召集六部阁卿商议大事，这让大臣们都吓了一跳，还以为发生了重大之事呢，还不急急忙忙的往文渊阁赶来。
“朕突然召大家来，是为了一件很重要的事情，关系到我大明朝长治久安，国祚永长的大事，”朱影龙看自己要求前来的人一个不少的都到了，命人关上会议室的大门，很郑重的开口道。
孙承宗就在这文渊阁办公，朱影龙事先已与他有了沟通，况孙承宗一直主将废除文人掌兵的弊规，设立军机阁的正好将这一弊端完全解决，从此文不掌兵，武不干政，至于废除五军都督府，更重要的一点，是朱影龙这个皇帝要把军权全部抓到他的手里来，等朱影龙开场白说完，孙承宗开口道：“皇上决定设立军机阁，废除五大都督府，全国兵事将由军机阁全权处置，兵部从此将直接由军机阁节制。”
这个决定一经宣布，会议室中原本还因为匆忙赶过来气喘吁吁的声音顿时就听不见了，那是一阵短暂的寂静无声，各人的脑袋中都在飞快的运转着，他们有的在想皇帝此举仅仅是自己抓兵权呢？还是有其他什么目的？还有的像黄尊素等人则表现的非常平静，似乎一经料到皇上会怎么做，只不过一开始的惊讶是吃惊皇帝动作比他们心中预计的要快了些。
“微臣敢问皇上，军机阁与内阁是谁领导谁呢？”刑部尚书杨鹤站起来问道。
“军机阁是独立的，内阁无权过问军机阁的军务，同样军机阁呀无权过问内阁政务。”朱影龙道。
“微臣请问皇上，军机阁大臣都由哪些人组成？”礼部尚书黄尊素问道。
“军机阁不设首辅大学士，直接对朕负责，暂设军机副相一名，要员若干，这个具体待定。”朱影龙想了一下，回答道，“军机阁成了之后，各部凡是涉及军事方面的包括一系列官员和事务全部移交军机阁，像工部的各种兵器，铠甲、军服的制造等等。”
这下所有的官员都明白了，这军机阁是要独立成一个系统了，以后的六部恐怕要改成五部了，这不仅仅是一场改革了，而是大明朝文武彻底的要分家了，所带来的影响根本无法估量，听着皇帝的这些话之后，在场许多人官员，包括孙承宗等嫡系官员脸上都露出凝重之色，弄不好，这是要天地变色的，他也没有深深的想过皇上设立军机阁的真正的用意，原来居然是彻底的实行军政分开，文官只有管理政务的权力，而军权却牢牢的被皇上抓在手里，国家以后等于皇帝想怎么干就怎么干了，这岂是文官士大夫阶层所能容忍的吗？他们拼命的想削弱皇权，到头来皇权还是被巩固到了皇帝手里，他们岂有不反对之理？
“皇上，万万不可，万万不可呀！”老臣韩爌出言反对道，在座的大臣中就属他的资格最老，也就他敢说出这样的话来，孙慎行固然一直跟朱影龙唱反调，但他那是真心为国，不是为自己手中的权，而韩爌这些老臣，属于东林一脉的，这些人的政治意图，就是以他们的想法来改造这个大明朝，如果把权力都集中到了皇帝手里，那他们岂不真的成了提线的木偶，任由皇帝摆布吗？
“韩老爱卿，你倒是给朕说说，为什么不可吗？”朱影龙想透了这一点，心中未免不悦，现在这个时候只有把权力集中在他一个人身上，才能带腐朽的大明朝走出困境，你们要限制和分出君主的权力也不应该是在这个时候！
“启禀皇上，老臣认为皇上的用意是好的，但……”韩爌不愧是饱学之士，一通话是口若悬河，滔滔不绝，说的在做的几位大臣都深表赞同，纷纷谏言支持，朱影龙听了之后，先是愤怒，后渐渐平复情绪，慢慢的冷静下来，自己的想法虽然好，但明显忽略了一点，就是明朝的内阁制，已经大大的削弱了皇帝的权力，封建顽固士大夫的力量不容小视，即便自己把黄尊素等人同化了跟自己一致，但他们毕竟就只有几十个人，就好比一瓶墨汁洒入大海，很快就被海水将其溶的跟海水一个颜色，再也分辨不出那是墨汁哪个是海水了，看来自己急功近利的毛病又犯了，包子也是一口一口的吃下去的，想一步到位，除非是革命，改革似乎永远做不到。
“朕刚才思考了许久，认为韩老大人的意见很是中肯，朕决定采纳他的建议，军机阁的设立只是代替了原来的五大都督府的职权，合五为一，同时赋予它在朝廷内外军机上的决策之权，原本五军都督府就归兵部统一管辖，现在朕也这么做，原内阁首辅大学士兵部尚书孙承宗改任军机阁军机副相，他的内阁首辅大学士的职务暂有韩爌韩老大人担任，你们看如何？”朱影龙不得已只得转过弯来道。
韩爌等人见皇帝从善如流，内阁首辅大学士的位置也到手了，自然大呼“皇上圣明”，决议就这么通过了，非信王潜邸嫡系势力正是抬头，尤其他们当中多是东林党人，韩爌的学生李标任吏部右侍郎，户部侍郎罗喻义，詹事府詹事姚希孟，这些都是背后支持韩爌的东林名人，朝中百分之四五十的官职都被东林党人把持着，果然不幸被朱影龙言中了，如果救下高攀龙等人，恐怕局势比现在还要严重，最起码，黄尊素等依附他的东林党人还不至于站到韩爌他们这些人当中去！
偏偏朱影龙却不得不依赖这些所谓的进步人士，历史上的着名斗士们，虽然最后这军机阁还是成立了，朱影龙也意识到自己的错误，但是他心里还是窝着一团火，恨得把这些东林党人也跟那一万名武阉一样，一把火烧个光光，来个一了白了，但是理智又告诉他绝对不能意气用事，唯有忍，忍到将自己的人才培养出来，忍到这帮人都进了棺材，可就算自己能等，别人能让自己等吗，皇太极能让自己等吗？
孙承宗请军机阁人员名单，除了他本人，计有，开国公常炎林、原后军府都督中山王徐达之后徐允祯、英国公张国维（懿安皇后张嫣的叔叔）、辽东经略兵部侍郎袁崇焕、辽东巡抚加左都御史雄霸（宁远大胜之后新封），以及各省的总督，人数还不少，在京的就两三位，其余的都在外地，朱影龙这个名单看都没看就准了，因为他知道孙承宗一定比他考虑的更加全面，什么人能进，什么人不该进，他拿捏的火候比他强多了。
既然直接撕不开这张士大夫势力之网，还有那帮子自以为是的东林党人，看来要实行拉拢、分化的办法了，还要让官员年轻化，他们更加容易接受新事物，新的思想，所以大学这块阵地的的争夺必将掀起一场没有硝烟的战争，千万不能让东林党把这块至关重要的阵地也抢了过去，那说不得最后自己只有动用武力，以结党的罪名将这些人清洗了，说实在话，他根本不想怎么做，因为东林党人关系盘根错节，又是师生，又是同年的，要不怎么说中国人的人情关系实在是太复杂了，中国人有一半的精力都放在处理复杂的人际关系上了，不让中国早就火箭式的腾飞了，但就是这种复杂的人际关系造就了中国人一副聪明无比的大脑，所以他永远都能屹立不倒！
年轻的官员中，史可法当推第一，接下来是黄尊素、魏学廉、杨之易、何腾蛟、张傅和张采兄弟，还有就是几个专工的人才，如宋应星、瞿式耜等几人。这些个人才才是自己最贴心的力量，这些人要把他们放到北京大学去给那些举子秀才们上课恐怕没有那个能力，他们只能去清华，清华可能起初会困难一些，但慢慢的，朱影龙希望能培养出一些各有专长的人才，到时候利用这些人才，一步一步的改变人们的思想理念，还要确立一种信仰，一种哲学观念，不然即便是一时在自己的这个皇帝的强势下占了上风，到头来人家凭借这强大深厚的基础，还是会输的，中国就是这样被这些人抬以大义实际图谋私利的借口葬送了一个又一个永远成为天朝上国的机会。
有汉以来，儒学变成了封建统治的唯一统治哲学，虽然他也借鉴吸收了其他一些学说的观点，比如将皇帝神话为天子，君权神授，让皇帝变的至高无上，即便是王子犯法于庶民同罪，也只是到王子这一层，而皇帝却高于法律，永远都得不到制裁，除非被人推翻了，他永远都是对的，不关是蝼蚁百姓，还是王公大臣，他们要维护的就是皇权君威，这就是所谓的愚忠，而那些不愚忠的人，就是心怀不轨，他们维护的是自己的权势和富贵，甚至也想做皇帝，尝一尝君临天下的滋味，所以朱影龙并不决定摒弃这一点，这种理论固然是不对的，但不适合他现在这个时候把它推翻，在这个前提下，形成一个新的“求实，务真，实践，真知”哲学理念，然后抛出“实践是检验真理的唯一标准！”将改革派的力量聚集在一起。
同时还有一个非常尖锐的矛盾，那就是“皇权”和“相权”之争，君强则相弱，相强则君弱，这不仅仅是皇帝跟宰相之间的权力斗争，而是代表皇权的皇帝与士大夫阶层的两个政治团体的较量，而朱影龙现在就处于这种对抗之中，礼法，祖制以及各种看不见却实在的利益，千万不要把东林党人看得多清高，看得多伟大，他们也是人，他们一种新型的士大夫阶层，他们求变，虽然在一定程度上也是为了国家，但他们的目的还是冲着权力过去的，他们希望拿到权力，以自己的想法来改变国家，而这个是不现实的，因为他们本身就没有一个统一的纲领，而且相互之间还勾心斗角，意见不统一，即便是朱影龙没有变成现在的朱由检，或者是朱由检将权力全部交给东林党人，明朝还是亡国，因为封建的文人有一个最大的毛病，骄傲而且自以为是！凭这这些人的所谓一身傲气，想阻挡后金的铁骑，入以卵击石，因为他们没有认清国家败亡的本质不在阉党之上，而是在他们自己本身，改变大明朝的命运不仅仅是刷新吏治，革除弊端，发展商业，开放海上贸易和禁止阉党党祸就能达到目的，这些只能延缓它亡国的时间而已，真正的改革应该是从制度上，改德治为法治，发展科技，强人强体魄，强国强军，废除权贵特权，包括皇帝本人的一些权力，虽然在中国这个多民族国家很难实现君主立宪这个国家政体，但朱影龙不需要考虑这些，他只需要考虑到他在位的时候，这个国家将会成为世界上最强大的国家这就够了，后人自有后人福嘛，再说他有不是神，能达到这个目标他已经很满足了。